Die Vorstandschaft bemühte sich bald nach der Vereinsgründung, die in der Satzung genannten Aufgaben umzusetzen. Beim Sammeln von Spenden, Legaten, Nachlässen zeigten sich große Erfolge. Unzählige Überzeugungsbemühungen bei den zuständigen Ämtern und Behörden von Kirche und Staat führten 1994 zu einer durch die Diözese Augsburg veranlassten Voruntersuchungen. Laut Gutachten wurde als Renovierungstermin die Zeit nach 1998 festgelegt.

Ende 1995 zeichnete die Augsburger Allgemeine den Förderverein für sein Engagement mit der Verleihung der „Silberdistel“ aus. Weitere Befunduntersuchungen ließen enorme Schadensbilder in vielen Bereichen erkennen. Sanierungsschritte und ein Finanzplan für das Mammutprojekt wurden sorgfältig erarbeitet, um dann ab 1998 die Sanierung der Frauenkirche, der nun das Prädikat Baudenkmal von nationaler Bedeutung verliehen wurde, realisieren zu können.

Für fünf Jahre wurde die Kirche wegen Renovierungsarbeiten geschlossen.

Die Sanierung der Frauenkirche Günzburg erfolgte in 3 Bauabschnitten

1. Statik – Dachwerk – Außenfassade
2. Wiederherstellung der originalen Fassung der Raumschale
3. Neufassung der Ausstattung

Festgottesdienst mit Bischof Dr. Viktor Dammertz und Festakt im Forum.

Die Gesamtkosten betrugen knapp 6 Millionen Euro. Die vermögenslose Kirchenstiftung als Eigentümerin der Kirche konnte keinen finanziellen Beitrag leisten. Die Finanzierung erfolgte durch die Diözese Augsburg (fast ein Drittel der Kosten), durch hohe Zuschüsse von Ministerien, Ämtern des Bundes und des Freistaats, Stiftungen, Geldinstituten, von der Stadt und des Landkreises Günzburg und des Bezirks Schwaben.

Der Förderverein beteiligte sich an den Kosten mit etwa 890.000 Euro.

Mit der gelungenen Sanierung und Renovierung des Gotteshauses wurde die Frauenkirche buchstäblich gerettet. Sie erhielt darüber hinaus den wieder gewonnenen großartigen Glanz eines „Festsaals Gottes“. Der dafür als Initiator tätige Förderverein Frauenkirche Günzburg e.V. darf darauf stolz sein.

Großen Dank verdienen Staatsminister a.D. Dr. Bruno Merk (†2013) für das Erschließen beträchtlicher Fördermittel bei staatlichen Stellen, Stiftungen und Ämtern für Denkmalpflege und Domdekan Dr. Eugen Kleindienst, ebenso die Herren Dr. Georg Simnacher (Bezirkstagspräsident), Landrat Hubert Hafner, Dr. Rudolf Köppler (OB) und Dr. Alfred Sauter (MDL) für ihren Einsatz.

In den Jahren danach übernahm der Förderverein bis 2006 die Kosten für die liturgische Neugestaltung des Chorraums mit Volksaltar und Ambo, ferner für die Restaurierung von Figuren, eines Ölgemäldes und vieler Ausstattungsstücke.